Kolegija savo ištakas skaičiuoja nuo 1927 m. kai Alytuje buvo įsteigta aukštesnioji miškininkystės mokykla. Mokykla 1939 m. buvo perkelta į Vilnių, o 1963 m – į Girionis (Kauno r.). Sovietmečiu mokykla buvo reorganizuota į Miškų ūkio technikumą, o Lietuvai atgavus nepriklausomybę, vėl tapo aukštesniąja mokykla. Ilgą laiką šioje mokykloje mokė vienos specialybės – miško ūkio.
 
2002 m. mokyklai įgijus naują aukštosios mokyklos statusą, jos veikla labai suintensyvėjo. Pradėjo veikti dar penkios studijų programos: želdynų dizaino (2002), žemėtvarkos (2003), hidrotechnikos (2003), rekreacijos (2006) bei kadastrinių matavimų ir nekilnojamojo turto vertinimo (2007).  Studentų skaičius  nuo 2002 m. padidėjo beveik 4 kartus.
 
Nuo 2003 m. Kolegijoje atliekami taikomieji moksliniai tyrimai. Daugiausiai išplėtotos miško darbų technologijų ir aplinkos inžinerijos sritys. Pagrindiniai šių darbų užsakovai – VĮ miškų urėdijos, LR Aplinkos ministerija, savivaldybės bei įvairios gamybinės įmonės. Kolegija leidžia mokslo darbus "Miškininkystė ir kraštotvarka" ir drauge su dviem aukštosiomis mokyklomis (KTU ir LŽŪU) Kolegija leidžia Informacinį biuletenį „Miškas. Mediena. Technologijos. Standartizacija“ Leidinio vyr. redaktorius dr. A. Tebėra (KMAIK).
 
2003 m. konsultacinei veiklai plėtoti įsteigtas Informacinis centras. Didžiąją centro veiklos dalį sudaro veikla, finansuojama iš Specialiosios bendrųjų miškų ūkio reikmių programos bei Kaimo plėtros fondo Pagal šią programą Informacinis centras organizuoja miško ūkio specialistų, privačių miškų savininkų ir ūkininkų kvalifikacijos tobulinimo kursus bei vykdo visuomenės švietimą, propaguodamas daugiausiai jaunimui gamtosaugos ir miškininkystės idėjas.