Kolegija savo ištakas skaičiuoja nuo 1927 m. kai Alytuje buvo įsteigta aukštesnioji miškininkystės mokykla. Mokykla 1939 m. buvo perkelta į Vilnių, o 1963 m – į Girionis (Kauno r.). Sovietmečiu mokykla buvo reorganizuota į Miškų ūkio technikumą, o Lietuvai atgavus nepriklausomybę, vėl tapo aukštesniąja mokykla. Ilgą laiką šioje mokykloje mokė vienos specialybės – miško ūkio.

2002 m. mokyklai įgijus naują aukštosios mokyklos statusą, jos veikla labai suintensyvėjo. Pradėjo veikti dar penkios studijų programos: želdynų dizaino (2002), žemėtvarkos (2003), hidrotechnikos (2003), rekreacijos (2006) bei kadastrinių matavimų ir nekilnojamojo turto vertinimo (2007). Valstybiniame studijų programų registro centre įregistruota septintoji – plantacinio ir nemedieninės produkcijos ūkio studijų programa. Studentų skaičius  nuo 2002 m. padidėjo beveik 3 kartus.

Nuo 2003 m. Kolegijoje atliekami taikomieji moksliniai tyrimai. Daugiausiai išplėtotos miško darbų technologijų ir aplinkos inžinerijos sritys. Pagrindiniai šių darbų užsakovai – VĮ miškų urėdijos, LR Aplinkos ministerija, savivaldybės bei įvairios gamybinės įmonės.

2003 m. konsultacinei veiklai plėtoti įsteigtas Informacinis centras. Didžiąją centro veiklos dalį sudaro veikla, finansuojama iš Specialiosios bendrųjų miškų ūkio reikmių programos bei Kaimo plėtros fondo Pagal šią programą Informacinis centras organizuoja miško ūkio specialistų,  privačių miškų savininkų ir ūkininkų kvalifikacijos tobulinimo kursus bei vykdo visuomenės švietimą, propaguodamas daugiausiai jaunimui gamtosaugos ir miškininkystės idėjas.

Nuo 2003 m. Kolegija organizuoja respublikinius ir tarptautinius seminarus, konferencijas, kuriose nagrinėjamos miškininkystės, miško darbų technologijų bei aplinkos inžinerijos problemos. Drauge su  dviemsaukštosiomis mokyklomis (KTU ir LŽŪU)  Kolegija leidžia Informacinį biuletenį „Miškas. Mediena. Technologijos. Standartizacija“ Leidinio vyr. redaktorius dr. A. Tebėra (KMAIK).

2004 m. Kolegija tapo SOCRATES/ERASMUS programos nare ir sudarė studentų bei dėstytojų mainų sutartis su Skandinavijos šalių,  Jungtinės karalystės, Belgijos bei Vokietijos miškininkystės, kraštovaizdžio architektūros ir aplinkos inžinerijos aukštosiomis mokyklomis. Kasmet apie 5-7% Kolegijos studentų vyksta studijuoti į užsienį, o keletas studentų iš šių šalių atvyksta į Kolegiją ir čia studijuoja vieną semestrą.

2004 m. Kolegija pradėjo vykdyti tarptautinius mokslo ir studijų projektus (FORCY, ERASMUS IP). Partneriai: Airijos, Islandijos, Estijos, Latvijos, Lenkijos, Norvegijos, Suomijos, Švedijos, Vokietijos miškininkystės mokslo institucijos.

Nuo 2005 m. Kolegija vykdo Leonardo da Vinči, ES struktūrinių ir kitų fondų finansuojamus projektus. Šios veiklos dėka praturtėjo Kolegijos intelektinis potencialas bei materialinė mokymo bazė. Vykdant šiuos projektus, kuriama nauja, atitinkanti ES standartus, miško ūkio specialistų mokymo metodologija ir moderni mokymo bazė. Įkurtos naujos laboratorijos (moderniųjų medienos ruošos mašinų, kraštovaizdžio architektūros, floristikos, aplinkotyros, matavimų inžinerijos) bei praturtintos anksčiau veikusios.

Nuo 2007 m. Kolegija sėkmingai vykdo LR Užsienio reikalų ministerijos finansuojamus projektus, kurie plėtoja Lietuvos ir Rytų Europos šalių bendradarbiavimo ryšius.

2005 m. Kolegija organizavo Europos Miškininkystės studentų profesinio meistriškumo čempionatą ir tapo šio čempionato nugalėtoja.